交通事故でむち打ちを追った場合、どの医療機関へ行けばよいか？といえば、まずは整形外科です。診断により、鎮痛剤や湿布を処方されるのが一般的です。また炎症が治まった後に、理学療法を受けることもあります。理学療法にはけん引療法、電気療法、運動療法、温熱療法などがあります。
けん引療法とは、器械や徒手で頸部を引っ張ることにより、頸部神経の圧迫を緩和します。電気療法は、身体に電気の刺激を与えることにより、筋肉をほぐして血行を改善します。運動療法は、可動域訓練や運動により、関節の拘縮や筋肉の衰えを抑制します。温熱療法とは、ホットパックで筋肉を温めることにより、血行を改善します。
むち打ちの後に生じる、吐き気やめまい、耳鳴りといったバレリュー症候群（自律神経の症状）の治療は、整形外科ではありません。神経内科や麻酔科、ペインクリニックで、診察してもらいます。整形外科で紹介しれもらえれば、その指示に従い、倦怠感や吐き気といった不調が続くのであれば、自主的に受診しましょう。
また、整骨院で施術を受けることも可能です。その際には、整形外科の医師に整骨院での施術を容認してもらい、かつ整形外科にも最低月に1度通うことが重要です。この2つを守らないと、保険会社から治療費や慰謝料がもらえない、または減額になるという可能性が生じます。なぜならば、整骨院の柔道整復師が行う施術は医療行為でなく、これを治療であるという医師の判断が必要だからです。